汉宣帝把萧望之列入三人团，除了考虑他是名相之后外，还考虑儿子元帝与其是师生关系，一直相处不错，萧望之教元帝帝王术多年，再继续教几年，太顺理成章了。问题是理论与实践常常是脱节的，谁如果把政治课运用到政治上来，那谁就死得快。
萧望之正是如此。从理论上来讲，外戚专权的政治、宦官专权的政治，一定是糟透了的政治。如果他单碰上了其中之一，那还好说，问题是萧望之是外戚专权与宦官专权都碰上了。史高恰恰是外戚，而三人团之外的弘恭与石显是太监，其时当的是中书令，也就是元帝的左膀右臂。这角色，说小也小，说大也大，如果皇帝权放得松，那么他们是可以代皇帝行使号令的，这时候的权力可能比朝廷重臣还大。即使皇帝权力抓得再紧，也相当了得，毕竟不是心腹，不可能坐上这把金交椅的。萧望之要搞改革，立志来碰硬，也就相当于找死。因为，在这三人团加俩太监的权力格局里，他只有一个可能的依靠，另外三人，他全都得罪，全是他的敌人。他说不用外戚，打击了史高；他说不用宦官，树敌于弘恭与石显。他提出的这个事情不小，牵涉到用什么人的问题，就是说，不用阉党，不用亲党，而要用儒党，难度自然大。
萧望之的方案抛出以后，自然遭到了激烈的反对，在庙堂之上，引发群臣声讨；在皇帝的御书房中，有石显与弘恭时不时进偏言。毫无掌权经验的汉元帝哪能把握这种复杂的斗争局面？不但复杂的政治一点都不懂，连最基本的请示报告等材料都读不明白。史高向元帝打了一个小报告，说萧望之有两罪，一是污蔑与侮辱朝廷大臣，二是挑拨离间元帝您老人家的亲戚关系，所谓“谮诉大臣，毁离亲戚”。末尾提出了处理建议：“谒者招致廷尉。”这里得来个词语解释，汉朝有专门替皇帝传话的人，叫做谒者，这个汉元帝肯定懂，就是中书省的那些太监们；廷尉，大家也都知道，就是主管刑狱的，搞审判的。汉元帝对这话是这么理解的：派一个太监去把审判官喊来，问一问萧望之是不是有这两种罪。所以他二话不说，提笔就签了“同意”两字。这种处理公文的方式应该不算错，既然有人具实名写检举信，那么请人来把情况调查清楚再说，这是皇帝处理问题的基本思维，汉元帝当了几天皇帝，简单的组织程序略知一二了，可是，他根本就没弄明白的是，“谒者招致廷尉”是汉代官场的政治专用术语，意思是：把人给我抓起来，关到牢里去。
萧望之被关进了牢房，好久都没来上朝了，元帝就很纳闷：怎么萧望之失踪了呢？旁边的人就告诉他，萧望之坐牢了，元帝大吃一惊：“谁批准的？这么重要的大臣说关就关了？”旁边有人就说：“这是您批准的！”元帝被弄了个大花脸，做声不得。连政治术语都不懂就来弄政治？那不叫人笑话吗？这时候的元帝首先考虑的是自己的皇帝尊严，皇帝错了怎么要得？那就关吧，把萧望之继续关在牢里，就可以证明皇帝没错，所以，萧望之就一直被关着。
大概关了几个月，元帝觉得把萧望之放出来，也不影响他批示的正确性了，于是就打发人把他放出来，不但放出来，而且还准备继续委以重任。可是，不知道萧望之哪根神经犯了混，他觉得这么冤枉坐了牢，不说得到赔偿，最少也应该得个说法吧，他心里萌发了“秋菊打官司”的企望。他儿子萧伋代父鸣冤，要求给其父恢复名誉。萧望之坐牢，是谁签的字？皇帝嘛。这不是明摆着跟皇帝叫板吗？从这里，我们也就知道了，不是黄口小儿汉元帝不懂政治，而是天天吃政治饭的萧望之一点政治也不懂，政治上太不成熟：你可以说任何人错了，但你可以说皇帝也错了吗？皇帝是一贯正确的，无比正确的，永远正确的。现在，你要挑战这个原则，这不是自寻死路吗？
这下轮到史高他们活动了，史高又打了一个报告，最后建议与前次一样：“谒者招致廷尉。”这下,元帝当然知道是什么意思了,上次是糊糊涂涂地批示,这次呢,是明明白白地签字了。在签字的时候,元帝据说有点心软,他的意思是把萧望之再关一阵,反省反省,但不要把他的命给结果了,所以他说：“萧望之这人,性格犟,上次坐牢,他觉得冤,这次如果再要他去,他不肯怎么办？”石显等曰：“人命至重,望之所坐,语言薄罪,必无所忧。”放心吧,狗命都值钱,何况人命,萧望之一定把命看得比狗命重的,况且他的问题小,不过是说了错话嘛,没什么大罪。元帝于是叫了一声“上墨”,一下给签了。
拿了圣旨,石显、史高他们跑得飞快,立刻调来许多狱警,把萧家全围起来,鸟都飞不出去。看那阵势,是皇上下死令了吧？萧望之老泪往下掉,刀架在脖子上,准备抹,其妻提醒说：“也许皇帝没想杀你呢。”于是准备把刀放下来,旁边却跳出来一人,说：“人贵有气节,不如自裁。”萧望之想想也是：我六十多岁的老骨头了,一而再再而三地进牢房,活着还有什么意思？“老入牢狱,苟求生活,不亦鄙乎。”横下心来,把脖子一抹了之。
据说,萧望之抹脖子之时,汉元帝正在吃饭,听到消息,饭怎么也不能下咽,哭得很伤心。好多人在旁看着他哭,都可以作证：皇上为忠臣冤死流眼泪了。这到底是怎么回事啊？