因为“三一八”惨案，因为鲁迅的声讨，段祺瑞留给人们的印象并不太好，以致让人们忽略了他身上的许多闪光点。
粗暴、好色、抽大烟，似乎是乱世军阀的共性，而段祺瑞则不抽、不喝、不嫖、不赌、不贪、不占，被人称为“六不总理”。他因致电逼迫清帝退位、讨伐张勋复辟和抵制袁世凯称帝三事，又享有“三造共和”的美誉。
“三一八”惨案后，段祺瑞曾跪地发誓：从此吃素，以示愧疚之心。以致晚年后营养不良，加之又患了胃病，医生劝他开荤，却被他严厉拒绝。侄子段宏纲于是让厨师把去油鸡汁加在菜或汤内，不久被段祺瑞发觉，他把侄子叫来训道：“我自庚申年（1920年）吃素念经差不多20年了。如今国难日深，我老了，效国无力，但求早日超脱，你们万不可再恶作剧，增加我的罪过。”
段祺瑞很爱面子，唐在礼有一次评价他：“有主张，不轻易表示，但一经表示，如不采纳，他就不高兴。”段祺瑞爱面子也体现在对待家人上，与儿子对弈，儿子输了，段祺瑞大骂：“下棋是雕虫小技，你连这方面也不行，真是没用！”过了几天父子二人再博弈，儿子赢了，段依旧大骂儿子：“既无大志也无大才，只能在这些消遣功夫上表现。”
段祺瑞是个很有特点的政客，他对不同的对象总能区别对待。对文人，段祺瑞礼貌有加，绝不失礼数；而对武将，则口无遮拦、不假辞色。北京卫戍总司令鹿钟麟到执政府来汇报工作，他当着许多人的面，指着鹿钟麟说：“这是我从前的兵。”
尽管贵为民国总理，段祺瑞的生活却很俭朴。他喜好抽纸烟，且烟瘾极大，下棋或办公时，纸烟从不离口。开始他抽红司令牌，每听八角，后来该烟涨到一元多，于是便改抽四角的白金龙牌。他不光自己俭朴，还经常告诫晚辈不许奢侈浪费，他的亲戚眷属偶尔穿了时髦或艳丽衣服，都不敢去见他。
最值得称道的，是段祺瑞的廉洁。段祺瑞的执政府成立后，湖北督军萧耀南派人来见段执政，捎话说：“萧督军是执政任统制时的士兵，由当兵直到主持一省军政，都是执政培植的。他爱戴执政，犹如赤子之对慈母。”逢迎巴结之情溢于言表，段祺瑞没好气地回答：“你告诉萧督军，他是一省的疆吏，他应该对国家对人民好，才是正当的，对我个人好有什么意义呢？”
有人给段祺瑞送礼，他只选一两样不值钱的留下，其余一概奉还。有一次江苏督军齐燮元送他一扇镶嵌着各种宝石的围屏，其家人喜欢得睡不着觉，半夜都会爬起来抚摸，可是段祺瑞最后还是让人把东西送还了。民国军政界要人大多都有自己的私宅大院，唯独段祺瑞没有。段祺瑞当总理后，袁世凯将府学胡同的一套房子送给他住，然而却没有房契。袁世凯死后，房主拿着房契找段总理要房，段祺瑞只好搬家。
段祺瑞为人精明，能够洞察世事。第二次直奉战争后，张作霖和冯玉祥拥戴段祺瑞任中华民国临时执政。幕僚曾毓隽对段说：“我认为老总在如此形势下急于上台，好比是一张三条腿的桌子，一攻便倒。”段祺瑞当时正好手中拿着个茶杯，便说：“这杯子固然是锔在一起的，我握在手里暂时可以不碎，若我放手便落地碎了。”
不过段祺瑞精明一世，却也办过糗事。有次他请风水大师算命，为求真实效果，便隐瞒了身份，没想到大师开口就说：你的相貌是群龙之首的相貌！段祺瑞问：何以见得？大师说：天机不可泄露，要想知道，就派人把黄金1000两送到某处，我把原因给你写在纸上，你一看就明白了！段祺瑞照办，得到纸条打开一看，鼻子差点气歪了：你的总理像贴得满街都是，连傻子都知道你是谁！