在这400年里，人们只要谈到笛卡尔，必会加上“解析几何的鼻祖”“现代哲学之父”“理性主义的先驱”之类的赞誉。但是，纵然笛卡尔再伟大，再有成就，他也是个凡人，他也有很多缺点，犯过不少错误，这是人们常常忽略的。现在就让我们看看光环背后那个真正的笛卡尔吧。
懦弱胆小
笛卡尔的懦弱和胆小是很多人都知道的。罗素在《西方哲学史》中就曾这么形容过他，而且还指出：“他一贯阿谀教士，尤其奉承耶稣会员，不仅当他受制于这些人的时候如此，移住荷兰以后也如此。”
这一点最明显的一次表现是在伽利略事件上。1632年，伽利略发表了《关于两大世界体系托勒密体系和哥白尼体系的对话》，几个星期后，这部著作就被没收了，伽利略也被勒令前往罗马受审。一直到1633年6月，70岁高龄的伽利略不得已而放弃原主张，终生不谈论日心说。教皇乌尔班八世通过这次事件，在一段时间内成功地阻止了人们对这一禁忌问题发表意见。之后消息穿越了意大利国境，把旅居荷兰的这位法国哲学家吓得不轻。他甚至停止了正在写作的《论世界》，因为他怀疑其中有部分内容可能会引起教会的指责。可是与伽利略不同的是，他侨居在宗教裁判所权力还控制不了的荷兰，并且在这之后很长一段时间他都没敢离开那里。
笛卡尔有一句有名的座右铭：“隐居得越深，生活得越好。”大部分时间他都严格遵照这一准则行事。也正因如此，我们今天所掌握的很多关于他的资料，是通过他的书信整理出来的，他当年的所作所为有不少无从考证，成为永久之谜。
由于懦弱胆小，作为一名科学家，笛卡尔未能坚持真理，这对他那伟大的名望是有点讽刺的。与“在真理面前半步也不会退让”而牺牲的布鲁诺相比，笛卡尔先生无疑显得渺小多了。
心胸狭隘
相对于前一点，这项缺点不太为人所知，不过却也是证据确凿的。
刚开始在荷兰当志愿兵的时候，有一次笛卡尔下了军事课后，在学校海报上看到了一则用弗莱芒语出的数学题，他请旁边的人帮他翻译成拉丁文或法语，那人同意了，但要求笛卡尔解出难题后告诉他。3天后笛卡尔得到了答案，那人对笛卡尔的能力感到很惊讶，之后两人经常探讨一些问题，当时友情十分深厚。那个人就是伊萨克·贝克曼，小有名气的数学家、物理学家。笛卡尔在荷兰当兵的那段时间可以说是他们友情的顶点，笛卡尔曾在他的笔记中写道：若干天来，他“同一个天资特异的人亲密交往”。1618年12月31日，笛卡尔把他的《音乐简论》手稿送给贝克曼，并在信中称：“聊作对我们亲密友谊的纪念，并最确实地证实我对你的友情……”
可是在12年后的1630年，他们的友情破裂了。为什么呢？因为贝克曼说笛卡尔曾经尊敬他有如老师（从笛卡尔的信件来看确是事实）。笛卡尔为此要回了那本《音乐简论》原稿，还写了两封充满侮辱性的信给贝克曼，说他“宁要愚蠢的吹嘘而不要友谊，不要真理”；还说“捉摸不透是不是您过于愚蠢、过于没有自知之明”；“您有失检点，不是因为恶意，而是由于脑子不健全”。很难想象这样的话会出自一位伟人之口，不过可怜的贝克曼就是这样从此与笛卡尔分道扬镳了。
还有一件事就是他死前的治疗问题。当时笛卡尔感染了肺炎，虽然在那个时候这是很严重的病，不过也是可以治愈的。瑞典的御医本来是笛卡尔的好友杜里耶，可那几天他刚好外出了，于是女王派来了第二位御医韦特勒斯。韦特勒斯和笛卡尔素来不和，不过就医德出发，韦特勒斯试图尽力挽救笛卡尔的生命。可笛卡尔出于对此人的厌恶，拒绝了他的放血疗法，还把韦特勒斯臭骂一顿赶了出去。最后韦特勒斯表示他不会违背病人的意愿把他救活，我们伟大的哲学家由于错过了治疗时机，终于离开了人世。
这一次，他的心胸狭隘间接地要了他的命，真是让人感叹啊！
简单而又朦胧的私生活
笛卡尔终生未婚，睡单人床的笛卡尔和女人的关系不多。就感情方面来说，我们所知道的就是他对流亡的波希米亚公主伊丽莎白有点夹杂了爱情的友谊。似乎笛卡尔平生只与一个女人发生过肉体关系，她是笛卡尔在阿姆斯特丹时所寄居人家的女佣，名叫海伦。具体的情况竟无从考证，不过这唯一的一次却让笛卡尔有了一个女儿弗兰西娜。可怜的弗兰西娜在5岁的时候就病死了，这使笛卡尔不胜悲恸。在女儿在世的5年里笛卡尔赡养了她们母女，并与她们保持着联系。不过女儿死后，就再也没有记载他与那个叫海伦的女人有什么联系了。这段糊涂的关系也就此了结。